Yo he jugado sin el parche 1.72 que cambian algunas cosas.
En el gothic 3 podes hacer misiones para cualquier cofradia y a medida que la vas haciendo aumenta tu reputacion con esa cofradia. Esto no es impedimiento para que hagas misiones de otras cofradias(obiamente si por ejemplo liberas 2 ciudades de Varant, los hasishins te atacaran y ya no podras hacer misionesde ellos) pero mientras no liberen ciudades no hay problema.
Con el tema de la magia es bastante independiente de la cofradia que frecuentes. La idea es tener conocimiento antiguo que lo enseña tantos los magos negros (Beliar) como magos de agua o fuego (Adanos e Innos). Una vez que tengas conocimiento antiguo las magias (bola de fuego, terror, etc) la podes aprender de las estatuas de innos o beliar y algunos magos tambien te la enseñan. Pero como no pertenes oficialmente a ninguna cofradia no es necesario frecuentar una cofradia para aprender magia.
Espero que te aclare algo, no soy bueno expresandome